En fonction des activités des groupes, les missions peuvent être classées de la manière suivante :

Répartition pharmaceutique et services associés
La répartition détenue par les pharmaciens d’officines associés doit être renforcée afin de continuer d’incarner la seule alternative face à l’intégration verticale de l’officine par des investisseurs non-pharmaciens.
Depuis sa création en 1999, SECOF organise la mise en réseau des groupes coopératifs et le partage des savoir-faire. C’est donc une plateforme d’échanges pour les responsables des coopératives européennes de pharmaciens.

Promotion du pharmacien entrepreneur indépendant
SECOF a pour vocation de défendre et de promouvoir les pharmaciens comme les acteurs incontournables de la santé publique.

Représentation
L’objectif est de peser significativement sur les orientations européennes en matière de distribution des produits pharmaceutiques.

Le pharmacien rend chaque jour de multiples services aux citoyens européens. Professionnel compétent et disponible, il oriente et conseille ses patients tout en assurant activement la sécurisation de l’accès au médicament.

La place qu’occupe légitimement le pharmacien indépendant est remise en question. La déréglementation doctrinale ou l’appétit des financiers pour le marché de la santé sont perçus comme des menaces.
Dans ce contexte, les coopératives permettent à leurs adhérents de transformer en opportunité les évolutions attendues grâce à la mutualisation des moyens.
Pour les pharmaciens indépendants, la coopérative est une dynamique collective au profit du développement individuel.