Dependiendo de las actividades de los grupos, las misiones pueden ser clasificadas como siguen:

Distribución y comercio mayorista de productos farmacéuticos y servicios asociados
La distribución, sostenida por farmacéuticos asociados debe ser fortalecida para representarla única alternativa frente a la integración vertical de farmacias por parte de inversores no farmacéuticos.
Desde su fundación en 1999, SECOF organiza y posibilita la conexión de grupos cooperativos y la compartición de sus conocimientos y experiencia. Constituye también una plataforma de comunicación de intercambios para los responsables de las cooperativas europeas de farmacéuticos.

Promoción del farmacéutico independiente
La misión de SECOF es defender y promover a los farmacéuticos como una necesidad imprescindible en la sanidad pública.

Representación
El objetivo consiste en conseguir un peso significativo para poder influenciar las orientaciones europeas en materia de distribución de productos farmacéuticos.

Los farmacéuticos proporcionan muchos servicios a los ciudadanos europeos. Como profesionales preparados y con gran disponibilidad, orientan y aconsejan a sus pacientes, proporcionando un acceso seguro a los medicamentos.

El lugar que legítimamente ocupan los farmacéuticos independientes está siendo cuestionado actualmente. Los movimientos que empujan a la desregulación o los intereses financieros del mercado sanitario constituyen una seria amenaza.
En este contexto, las cooperativas hacen posible para sus miembros transformar la evolución del entorno en oportunidades gracias a la compartición de sus planes de acción.
Para los farmacéuticos independientes, su cooperativa constituye una fuerza común en ayuda de su desarrollo individual.