Ανάλογα με τις δραστηριότητες των συνεταιρισμών, οι αποστολές της μπορούν να κατηγοριοποιηθούν σε : 

Διανομή και χονδρική πώληση φαρμακευτικών προϊόντων και συναφών υπηρεσιών
Η διάθεση θεραπευτικής ύλης που πραγματοποιείται από τους φαρμακοποιούς μέλη των συνεταιρισμών, πρέπει να ενισχυθεί ως η μόνη εναλλακτική στην καθετοποίηση  των χονδρεμπορικών εταιριών με φαρμακεία, που επιχειρείται από επενδυτές μη φαρμακοποιούς. 

Από την ίδρυσή της το 1999, η SECOF διοργανώνει συναντήσεις, όπου συμμετέχουν ομάδες των συνεταιρισμών και μοιράζονται τεχνογνωσία. Παράλληλα, λειτουργεί σαν  μια πλατφόρμα επικοινωνίας και  ανταλλαγής πληροφοριών, για τους διευθυντές των ευρωπαϊκών συνεταιρισμών φαρμακοποιών. 

Προώθηση του μοντέλου, φαρμακοποιός ανεξάρτητος -επιχειρηματίας.
Η αποστολή της SECOF είναι να υπερασπιστεί και να προωθήσει τους φαρμακοποιούς ως κρίσιμους και απαραίτητους πόρους για τη δημόσια υγεία. 

Αντιπροσώπευση
Ο σκοπός είναι να δοθεί η απαραίτητη βαρύτητα στους ευρωπαϊκούς προσανατολισμούς που αφορούν τη διανομή φαρμακευτικών προϊόντων.

Οι φαρμακοποιοί παρέχουν σημαντικό αριθμό υπηρεσιών στους Ευρωπαίους πολίτες. Χάρη στην επαγγελματική τους ικανότητα και στην προσβασιμότητά τους, καθοδηγούν και συμβουλεύουν τους ασθενείς τους,

επιτυγχάνοντας την αποτελεσματική και ασφαλή διάθεση αλλά και χρήση των φαρμάκων.

Η θέση που δίκαια κατέχουν τα φαρμακεία της κοινότητας έχει τεθεί υπό αμφισβήτηση. Η δογματική προσήλωση στις απορρυθμίσεις και η υποβίβαση του τομέα της υγείας στις ισοπεδοτικές απλουστεύσεις που ισχύουν σε άλλες, διαφορετικού τύπου αγορές, συνιστούν σημαντικές απειλές.
Σε αυτό το πλαίσιο, οι συνεταιρισμοί δίνουν την ευχέρεια στα μέλη τους να μετατρέπουν τις αναμενόμενες εξελίξεις σε ευκαιρίες χάρη στα κοινά μέσα που προσφέρουν.
Για τους ανεξάρτητους φαρμακοποιούς, οι συνεταιρισμοί τους συνιστούν τη δυναμική για την ανάπτυξη των επιχειρήσεών τους.